Novari IKS eies av alle fylkeskommunene og Oslo kommune. Selskapet har med det 15 deltakere i eierskapet. Novari sitt øverste organ er representantskapet som har ett medlem fra hver av deltakerne. Representantskapet har valgt et styre som følger opp selskapets drift.
Selskapet har 53 fast ansatte i tillegg til daglig leder Hilde Benno Vaage. Selskapet frikjøper også medarbeidere fra fylkeskommunene til ulike oppdrag i utviklingsprosjekter.